Na całkowity koszt uzyskania pozwolenia dla produktu biobójczego składają się różne opłaty. Całkowity koszt różni się w zależności czy rejestracja będzie odbywać się na dotychczasowych, narodowych zasadach czy według procedur europejskich.
W przypadku rejestracji narodowej niezmienną jest opłata administracyjna, wnoszona do Urzędu Rejestracji Produktów Biobójczych. Jest to koszt w wysokości 1000 PLN/produkt. W przypadku ustanowienia pełnomocnictwa należny jest również dodatkowy koszt 17 PLN/pełnomocnika.
Rejestracja w procedurach europejskich jest bardziej skomplikowanym procesem i opłaty administracyjne również są w tym przypadku zróżnicowane. Kosz wniosku o wydanie pozwolenia dla takiego samego produktu to 2500 PLN, ale koszt pełnej rejestracji rodziny produktów biobójczych to aż 100 000 PLN. W przypadku wniosku o wzajemne uznanie pozwolenia europejskiego wydanego w innym kraju, poza opłatą 6 250 PLN wnoszoną do Urzędu Rejestracji Produktów Biobójczych musimy liczyć się również z opłatą dla Agencji Chemikaliów ECHA, w wysokości 700 EUR.